我覺得在看學術期刊的時候呢，要有一個基本態度：
不要看到一兩篇研究就急著高潮
在這個年代，各種題材和各種口味的研究或論文
會不斷冒出來，這是整個世界和學術界的現況
但，光看一篇研究
然後去擴大解釋啊～
去過度延伸啊～
或是，去覺得過去的大多數研究都被推翻啦～
新的爆炸性研究好棒棒什麼的...
這很容易陷入陷阱中。
迷信下去，常常就是一輩子一條命，或是錯失
特別是，這是刊登在某些「有趣」的期刊中
喔對了，能夠從全部，各種不管是ok的或有疑慮的研究中，去蕪存菁找出比較有依據的治療方針，這就是專業度的展現嚕。
--------- 延伸閱讀 ---------
吃鳳梨治飛蚊症有效？ 醫師：勿延誤就醫治療
https://udn.com/news/story/7266/3840134
好吧，偏方魅子是不是該被綁在鳳梨上玩呢？
[ 吃鳳梨對抗飛蚊症？還是建議看醫生 ]
最近幾日，一篇有關吃鳳梨可以減緩或消滅飛蚊症的文章在各個社群媒體瘋傳，大概看了不下五則貼文，覺得實在不對勁，就看了一下原始論文。不看不知道，一看不得了，這實在不是一個嚴謹的研究，研究結果必須要打上一個大問號。如果這種似是而非的結論，加上媒體的渲染，可能會造成一些負面結果。至於懷疑的根據與擔心，就請看下去。
#什麼是飛蚊症
眼球中有很大部分充滿著無色透明的膠狀物質，稱作玻璃體（vitreous body），正常情況下的玻璃體是澄清的，可以讓光線通過，在視網膜上成象。如果今天因為一些原因，讓玻璃體中的液體不再澄清，有一些懸浮物，就會影響成象，就好像眼前出現一隻打不到的蚊子一樣。
飛蚊症的成因，主要有幾種：玻璃體混濁（有懸浮物）、周邊組織出血流入玻璃體、周邊視網膜破裂、玻璃體後脫離（posterior vitreous detachment，PVD）。
#文章來源
這一篇文章，標題是「Pharmacologic vitreolysis of vitreous floaters by 3-month pineapple supplement in Taiwan: a pilot study」，由輔英科技大學附設醫院眼科主治醫師洪啟庭、大仁科技大學藥學系陳福安、郭代璜、謝博銓教授、陳立材助理教授、中山醫學大學視光學系黃宣瑜教授；文章發表於 Journal of American Science。
#文章內容
文章中找了共 388 位受試者，分成兩組，一組依照分成玻璃體內懸浮物多寡，再分成兩小組，每天固定吃兩塊 100 克的鳳梨；另一組再分成三小組，分別給予每天 120、240、360 克的鳳梨。兩組每個月各追蹤一次，總共追蹤三個月。最後發現到了第三個月，所有組別的懸浮物數量都有減少，好轉人數比例 54.5% 到 74.2% 不等；玻璃體懸浮物有所減少的人數，與開始吃鳳梨前，呈現顯著減少關係。在討論中，作者也舉了一些關於鳳梨酵素（bromelain，鳳梨蛋白酶）的研究，試圖解釋實驗結果與機轉，最後作者做出以下的宣稱：
1. 鳳梨酵素可以為人類飛蚊症、PVD 與 玻璃體纖維化帶來新的研究觀點。
2. 持續食用鳳梨有助於飛蚊症的改善。
3. 這篇研究是全世界第一篇提出「每日補充鳳梨，可以作為目前飛蚊症常規醫療之外的便宜另類療法」的文章。
（原文：Our studies revealed that the pineapple supplement every day can offer a cheap alternative to current therapies for the vitreous floaters which is the first report in the world.）
感覺好像期刊論文該有的格式與格局都有了，但是細細一看，其中大有疑竇。
#懷疑的點
1. 沒有交代受試者背景
一開始的介紹提到了，造成飛蚊症有許多的原因，其實就連玻璃體混濁，也有許多成因。文章中沒有提到這些飛蚊症患者的病因或背景，就連男女與年紀比例都沒有提到。
2. 研究缺乏對照組
國小、國中就教過了，做實驗必須要有對照組，才可以知道應變變因和操縱變因之間的關係。簡單來說，如果飛蚊症病人在實驗期間照常生活，但不吃鳳梨三個月，他們的飛蚊症會不會也改善了？這篇文章沒辦法回答。
在醫學研究中，大家可能有聽過安慰劑（placebo），這就屬於一種對照組實驗會使用的方法。另外，如果一開始設計實驗時，就想探究鳳梨的某個特定成分（例如鳳梨酵素）會不會才是改善飛蚊症的主要因子，也可以加入測試，會讓說服力大於僅止在討論章節中進行文獻探討。
3. 統計方法的錯用
在這邊使用了變異數分析（analysis of variance, ANOVA），但這份資料的型態，應該不會使用 ANOVA 分析。
4. 措辭誇張異常
從文章第一句「 This survey is the first one in world......」，到文章討論也可見「the first report in the world」，似乎作者興奮得想向全世界展示這份研究成果，文中也可見其他似乎不必要的溢美詞句；搭配結果讀來，似乎少了一些期刊的嚴謹性。
如果這篇真的是確確實實的世界 number 1，大可以投到頂尖期刊如《新英格蘭醫學雜誌》（NEJM, IF=79.258）、《刺胳針》（The Lancet, IF=53.254），或者眼科界的頂尖期刊《British Journal of Ophthalmology》（IF=3.384）啊！為何會投在一篇比較少人聽聞的期刊呢？
5. 許多令人感到不可思議的錯誤
隨便看看，就可以發現不少錯字與格式不一致
文章一開頭的作者服務單位，中山醫學大學附設醫院被打成了「Chunmg Shan Medical Hospital」，多了一個 m。
表格中的 1st 和 2rd，前者有上標，後者沒有，那到底是要不要上標？
表格中的「3rd」竟然寫成「3th」，原本應該屬於 3 的 rd 還誤植到 2 那邊！這是國小高年級的英文課內容吧，這種錯誤太不應該。
93 頁尾，Müller and his ci-workers also found......，應該是想寫 co-workers 吧！
6. 期刊編審素質堪憂
看到那麼多的謬誤，除了作者要負一部份責任，期刊編輯也是。一篇被刊出的文章可以被找到那麼多荒謬的錯誤，編輯責無旁貸，也說明了這家期刊的編審素質堪憂。
#這到底是哪家期刊？
The Journal of American Science 這家期刊自 2005 年創立，到今年也活到了第 15 年。
再來很功利地看看所謂的期刊影響因子（impact factor, IF），這家期刊在 Journal Citation Reports（JCR，網址: https://jcr.clarivate.com/ ，感謝網友提供）中沒有紀錄、也沒有 IF 資料，可能是被引用數或刊載量未達標準。
在查詢過程中發現一件很有趣的事。關於這個期刊的資訊並不多，但另外查到一個名字很像的期刊《American Journal of Science》，成立於 1818 年，是地球科學界的老牌頂尖期刊了，2017 年的 IF 值高達 3.893。看到這邊，是不是要懷疑一下這個《The Journal of American Science》，有沒有可能屬於之前引起廣泛討論的「掠奪型期刊」（predatory journals）？
#對於媒體報導後的擔心
許多媒體的標題十分吸引注意力，彷彿每天乖乖吃鳳梨就可以扭轉飛蚊症。但從前面的幾個質疑，可以知道「每天食用鳳梨」與「改善飛蚊症」之間的因果關係尚不明確（連有沒有關聯都要打上問號），因此可能沒辦法期待每天吃鳳梨三個月之後，眼前打不到的蚊子會因此變少。
鳳梨雖然含有豐富的維他命 C 與纖維，但也含有比較高的糖份，如果長期、大量食用，可能讓體重悄悄上升。
另外，鳳梨的升糖指數也高（65），而飛蚊症的患者有一大部分是年長者，可能同時有糖尿病，這時候就要非常小心地控制鳳梨的食用量；如果因為看到心無標題就開始大量吃鳳梨，對於血糖控制相當不利，這是看到報導後應該要擔心的。
#結語
總體而言，有個新聞讓大家正視飛蚊症，或許是件好事，但看到有些不合理的措辭，就要再三小心。
就算沒有把原始文獻找來看，也應當諮詢醫師 / 營養師，綜合評估後，再考慮是否選擇其他輔助治療措施。
期刊原始文獻連結（建議不要邊吃邊看，有可能氣到吃不下）：http://www.jofamericanscience.org/…/10_34646jas150419_83_96…
附上熱心網友補充的文章與報導：
林慶順教授的質疑：https://professorlin.com/…/%E9%A3%9B%E8%9A…/comment-page-1/…
ptt 上的回文（也是引用林慶順教授的文章）：
https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1559108050.A.BE6.html…
吃鳳梨治飛蚊症有效？ 醫師：勿延誤就醫治療
https://udn.com/news/story/7266/3840134
偷渡之前寫的小文章，關於鳳梨為甚麼會咬舌頭的猜測：https://penscieve.wordpress.com/…/%E9%B3%B3%E6%A2%A8%E5%92…/
附圖是文章內幾個謬誤與誇張宣稱部分的截圖與標註
學術期刊 ptt 在 [學習] 投稿國外期刊的心得- 看板Chemistry - 批踢踢實業坊 的推薦與評價
看了化學板很多年
終於從化學博畢業了
我的指導教授是極致放生類型
因此我幾乎都是自學的
假如有錯誤的地方
大家也可以互相分享、指教一下
假如有同樣七分靠自己三分天注定的研究生
希望可以帶給你一點點的幫助
這篇主題在於"撰寫國外期刊論文"
我是有機化學組的
因此以下都是以有機的期刊為例
而學位論文基本上可以視為期刊的擴充
如要寫論文也可以用這思路來寫
投稿期刊跟學位論文有個很重要的差異
在於期刊你寫出來的最好都要有文獻或實驗支持你的論點
論文則沒有一定要有實驗結果支持
可以允許你有條理的將猜想寫上去
====================以下正文開始====================
(一) 選擇期刊
首先在投稿前
強烈建議先選好目標再來寫
從目標期刊挑幾篇文章來看
可以是最多人讀的、編輯推薦的等等
至於怎麼挑選期刊
原則上是從Journal Citation Reports (JCR)裡挑
而期刊常會有多種子分類
以我來說會先看"Chemistry, Multidisciplinary"
因為包含最多
加上有些期刊收的主題比較廣，點數也會高一點
進可攻退可守，原則可以先試高點數複合期刊
如果不行可以再往下選細部分類
接著必須評估自己的實驗結果可以上到哪裡
這需要經驗、需要非常大量閱讀期刊文章
才會知道做到什麼程度才有機會
一般可能是指導教授會建議可以投哪個
不過我是都自己挑就是了..
更簡單的挑選方式
就是從自己有看過的期刊開始篩
新手不用考慮你完全沒看過的期刊
一來可能期刊做的不夠出色
所以你在追蹤文獻時都沒有碰到
二來選你熟悉、有在閱讀的會更好上手
挑選出幾個目標後開始排序
試著以旁觀者角度看待自己研究
如果目標是Journal of the American Chemical Society
或是Angewandte Chemie International Edition
那你的研究夠不夠有新意? 實驗結果能否強烈支持你的論點?
同時"時間"也是很重要的考量
越高的期刊要過reviewer那關就越不容易
對博士班而言，時間也是首要考量之一
你跟你的指導教授不一樣，他有時間可以慢慢熬
但你是有畢業年限的
所以記得要把時間列入優先考量
除非你想走學術，有野心想發到最好的
如果自覺沒辦法發上太高點數的期刊
或是想快點湊足畢業門檻的話
就必須再往下看更細項
舉兩個藥物期刊為例
分別是European Journal of Medicinal Chemistry
以及Bioorganic Chemistry
前者點數是4.833，在"Chemistry, Medicinal"分類中是5/61(Q1)
後者是3.926，在"Chemistry, Organic"分類中是13/57(Q1)
可以注意到他們分屬不同子分類
這也表示以藥物而言，前者對"藥性探討"的要求比較高
後者則是較重視"有機合成"的部分
回頭看你的實驗結果，會是哪一邊更佔優勢
假如除了半最大抑制濃度(IC50)外
你還有做了對接模擬，細部作用機制探討..等等
這些屬於藥性研究的部分，那就可以試試前者
但如果你生物實驗部分結果不突出
但在合成部分有改良或是有利後續快速合成的途徑
則可以試試後者
假如不確定的話還能怎麼看?
很多期刊不只一個子分類
除了用排名看強項/重視的點以外
也可以用排名來反推弱項/較不看重的部分
像Bioorganic Chemistry還有另一個
"Biochemistry & Molecular Biology"分類，是90/298(Q2)
這意味著這期刊對生物部分要求相對沒那麼高
綜合來看，也就是有機合成部分OK的，但生物弱的
就可以考慮這期刊
再舉一個例子，Organic & Biomolecular Chemistry
他有三個分類
Organic Chemistry (Q1);
Physical and Theoretical Chemistry (Q1);
Biochemistry (Q2)
可以看出他在生化方面也是較弱的
儘管標題與物理沒有直接關係
但他卻有在物理及理論化學的分類
意味著他也接受有機合成+理論計算的實驗
如果看了這期刊幾篇文章
你會發現甚至有些文章完全沒有做到生物實驗
只要後續被認為有利於生化合成的改良
也會被這期刊接受
所以千萬別只看期刊標題就判斷適不適合投
要從子分類以及分類排名來考量
期刊也會在scope裡講述收件的門檻與拒收的類型
此外還有一些印象指標
對想走學術的人可能又更重要一點
就是"期刊的傳統印象"
當兩種期刊點數接近時
較老的前輩可能會認為某期刊要來的更好
就有機化學來說
像是Tetrahedron(1957至今)
Tetrahedron Letters(1959至今)
儘管點數不到3
但對老一輩的來說可能印象分數會超越點數3~4的新期刊
最後價錢也是一個考量
有些期刊收費真的超級貴..
在投之前先確認指導教授的意願再決定
我是都投不收費的，問題會少很多
當然有些期刊跟你收錢，門檻可能就會低一點
至於是不是掠奪性的，網路上都有資料可以搜尋
(二) 注意格式
有的期刊會要使用template
有的則是free style
我自己是偏好free的
其實也沒什麼，就是改格式實在累人
如果被拒絕等於你在調整格式做的努力都白費
真的要搞template也盡量以同個出版社的期刊為考量
這樣在轉換過程消耗你的精力會少一些
投期刊之前記得一定要看author guideline
裡面會詳細規範每一細項應有的條件
原則上同個出版社的差異不至於到太大
但改投時最好還是多看一下
一般投期刊可能要求提供以下檔案
Cover letter (給editor的信，簡述這篇內容)
Highlights (精簡列舉此篇論文的特點)
Graphical Abstract (圖案版摘要)
Manuscript (文稿正文)
Supporting Information (實驗數據等)
X-ray結構的cif檔或是CCDC code (有晶體數據時必備)
CCDC code是用來驗證你的結構是否正確並且加入資料庫中
可以透過以下連結來申請
https://www.ccdc.cam.ac.uk/
每個期刊差異會很大
所以記得投稿前做好checklist來確認是否有遺漏
內容怎麼寫則可以參考同期刊發表的文章風格來打稿
然後謹記一點
introduction不要寫太長
我有遇過一次寫蠻長的，被reviewer說其實不需要這麼多XD
介紹是必要的，但盡量簡潔精確
在上傳投稿前務必確認每個作者的名字、單位沒有錯誤
然後記得跟每個作者要他們的email才不會投一半卡關
以下講些寫文稿過程可能遇到的問題點
1. Graphical Abstract
蠻麻煩的一個工作，也許有軟體能更好對應這個項目
我以最多人有的powerpoint來說明
要注意的點是"圖案的長寬"跟"解析度"
期刊都有一定的規範
以Journal of the American Chemical Society為例
他是不得大於3.25 inches by 1.75 inches
(approx. 8.25 cm by 4.45 cm).
我會先開一個powerpoint檔案，先調整大小跟這相當
然後再開始畫圖案
有的期刊則是用相素(pixel)來規定大小
無腦的做法就是調整大小後存成圖片右鍵看圖片內容
會有顯示他的相素長寬，再來慢慢細部調整
Graphical Abstract避免太多文字，盡量以圖案表示
存成圖片後直接打開來看要能清楚可見
再來則是存檔格式，有的期刊只收tif檔，有的則是不挑
但幾乎都會要求圖案解析度要是300 dpi或以上
然而一般windows預設達不到這程度
可以參考官方作法來更改
https://reurl.cc/j7k5zm
但如果是office 365，這可能就不一定有用
如果不行就想辦法跟人借個2016以前的版本來試
然後對圖案右鍵另存成圖片
假如解析度不到，則改用另存新檔的方式來存存看
存完了再右鍵確認詳細資料是否有符合期刊的要求
2. 化學結構的PDF轉換
第一個要注意的是期刊對結構的格式是否有要求
我是一直都使用ACS Document 1996這個設定
可以在File->Apply Document Settings from裡看到
到目前是沒有被說過結構要改
此外還要看你使用的chemdraw與word的版本對接行不行
強烈建議第一次從chemdraw直接複製貼上結構進word時
先存成pdf檔看一下結構會不會歪掉、特殊符號是否正常顯示
省得你全部弄完後還得回頭一個一個修
我自己到後來都乾脆將結構全存成tif檔案
這麼做一來能確保結構不會歪掉
二來解析度不會因為調整圖片大小就糊掉
記得在另存成圖檔之前
將所有結構選取後按ctrl+G設成群組
可以預防偶發的位移問題
然後要看一下圖檔大小，正常應該不會超過1MB
假如超過的話，開新的chemdraw檔案
先貼上結構再設成群組，理論上圖檔就會小很多
因為有時圖檔太大word會莫名其妙無法顯示
3. 實驗部分常見問題
首先常會被抓的是公司後面沒有列出城市與國別
如Merck (Darmstadt, Germany)，要記得打進去
假如是美國公司又有不一樣的玩法
像是Alfa-Aesar (Ward Hill, MA, U.S.A.)
中間會要多加一個州名的縮寫，網路上都可以查到
有機合成部分來說
如果數個化合物的合成步驟都差不多
可以寫成一個general procedure，盡量縮減篇幅
接著是光譜問題，假如你是有機化學的
光譜問題一定要特別注意，99%的reviewer都會看
如1H NMR (500 MHz, CDCl3): δ 1.30 (t, J = 5 Hz, 2H)
注意H的1有沒有上標，d-solvent寫法正不正確
其中J一定要是大寫斜體
再來是質譜Mass的寫法，如
HR ESI-MS found 347.1067 [M+H]+
(calc. for C17H19N2O4S is 347.1066).
格式沒有一定，但要有理論值跟計算值
記得注意兩個值差距會不會太大
差太多reviewer可能會要你重測
4. 引用文獻
這點也是個大坑，每個期刊都有自己的玩法
然後假如你有使用Endnote
請把他當成方便你整理跟移動文獻的軟體就好
最後你八成還是得自己手動修改細節
網路上都可以找到reference style
但最好再確認是不是真的符合期刊要求
如果期刊沒特別講，一般我都是使用ACS Style
因為我剛開始寫的時候
真的被不同reviewer講過為什麼縮寫不是照ACS的規則
期刊縮寫可以從CASSI資料庫查
https://cassi.cas.org/search.jsp
以ACS style為例
格式是這樣的
Vance, D. H.; Czarnik, A. W.,
首先是作者，這邊Endnote通常都蠻正確的
Real-Time Assay of Inorganic Pyrophosphatase Using
a High-Affinity Chelation-Enhanced Fluorescence Chemosensor.
再來是題目，這也不太有問題
最後是最常出錯的地方，期刊、卷號、頁數
J. Am. Chem. Soc. 1994, 116 (20), 9397-9398.
用Endnote內建搜尋查到的常常縮寫會有誤，或者漏了部分頁數
所以全部弄完後一定要再一個一個看一遍
題外話，如果Endnote搜尋不到該期刊文章
可以直接去該期刊文章網頁
幾乎都會有個Export->Export citation to RIS的選項
下載下來點兩下就會導入Endnote裡
當然假如有信心不會大幅移動篇幅的話
手打引用文獻自然是最保險的
5. Supporting Information圖片解析度問題
當你從PDF截圖直接貼上word時
其實可以發現解析度都很差
解決辦法是截圖完貼上word後
直接右鍵另存成圖片，再貼進word裡
你會發現解析度會好不少
此外像光譜等這些帶有文字數字的pdf檔案
我都是放大到200%然後才開始擷取範圍再貼進word
這樣會讓你圖片中的文字更清晰
6. Acknowledgments與funding
前者是必備的，通常寫感謝學校、科技部、貴儀等等
或是沒有被列作者但有幫忙的人
經費來源通常也會寫在這裡
所以記得跟指導教授要計劃編號，科技部可能會看這個
7. Response怎麼回?
我會將Reviewer的問題分段
在每個問題後面打上Response
開頭最好都是先謝謝他的意見
接著盡最大努力詳細回覆他的問題
一般沒有直接reject的話機會就大增了
回覆可以用圖片、用表格
假如他要你更動、改寫段落
也將更改的段落換顏色打上去
可以省去他還要去看文稿搜尋的時間
當你修改完要投時
記得在cover letter裡寫上已照reviewer意見修改
將投稿的文章ID也附加上去
有的期刊是response可以掛在cover letter後面
有的則是獨立出來的，上傳時注意一下
6. 其他寫文稿時的注意事項
要記得寫文稿就像在叫賣東西
要盡可能的講出優點
引用文獻襯托這篇研究改良在哪
然後不一定要將所有data全放進文稿裡
有些你覺得比較弱的，可以放去supporting info.裡
只需在文字中講到有做什麼實驗來驗證
有些reviewer不太會去看supporting info.
他如果忽略了就算是撿到了
目前是想到這些
如果之後有想到什麼再來補上
希望對還在奮鬥的研究生有點幫助
謝謝大家
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 118.233.29.77 (臺灣)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Chemistry/M.1585668966.A.339.html
※ 編輯: bittywind (118.233.29.77 臺灣), 03/31/2020 23:39:56
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