宋太祖建隆元年（960年）農曆三月廿三，媽祖林默生於福建莆田市湄洲島。媽祖是福建望族林氏後裔。
傳說中湄洲島是媽祖的家鄉，也是祂羽化升天之地。興化府莆田湄洲島湄洲媽祖廟始建於北宋雍熙四年（987年），原始小廟(神女祠)位於祖廟寢殿後方，是世界上最早的媽祖廟。天聖年間（1023年）開始擴建，此時的祖廟已初具規模。
元朝時，媽祖祖廟得到進一步的擴建。洪希文在《題聖墩妃宮》詩中，描寫了「粉牆丹住輝掩映，華表茸突過飛巒」的景象，反映出媽祖廟的建築情況。
在明朝時，媽祖祖廟又得到進—步擴展。洪武七年（1274年）泉州街指揮周坐主持重建寢殿、香亭、鼓樓、山門。永樂初年（1403年），鄭和下西洋時，因媽祖庇佑有功，奉旨遣官修整祠廟。宣德六年（1431年）鄭和最後一次下西洋之前，親自與地方官員備辦木石，再次修整祖廟。
清朝康熙二十年（1681年）遷界令撤銷後重修。康熙二十二年（1683年）福建總督姚啟聖重建鐘鼓樓和山門，又把朝天閣改為正殿，後因姚啟聖封為太子太保、兵部尚書，所以人們也稱正殿「太子太保殿」、「太子公殿」，後簡稱為「太子殿」。康熙二十三年（1684年）靖海侯施琅增建梳妝樓、朝天閣、佛殿、僧房，按石祖廟又建中殿、觀音亭、土地廟等，當時有五組建築群，殿堂樓閣十六座，客房齋堂等建築九十九間，規模宏大。
湄洲祖廟惜已於文化大革命期間全毀。1980年代以來，海內外信徒捐資對湄洲祖廟進行重建，臺灣信徒捐獻為最多，現有建築基本都是文革後所重建的廟貌，但許多湄洲媽祖金身現存於臺灣廟宇，如鹿港天后宮、新竹長和宮、北港朝天宮。
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