目前能選擇登記結婚的當事人，已無法再新申請同性伴侶註記，內政部亦曾考慮將可結婚登記卻不登記結婚的同性伴侶註記取消，最終被決議保留下來，此事源自行政院性平委員郭玲惠教授和我於2019年9月在行政院的共同提案。
當初提案目的主要就是希望在同婚施行後，能維持地方戶政過去所自行開辦的同性伴侶註記制度（甚至擴及非婚異性伴侶），並改良跨國伴侶單身證明文件要求，以利維護同志公民權益。最後，感謝行政院羅政務委員秉成於今年二月為此召開專案會議，最終決議保留。
當初的原始提案及說明如下，供參。
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行政院性別平等會第21次委員會議會前協商會議
提案委員: 郭玲惠、許秀雯 連署委員:（本案得到許多其他性平委員連署，茲略）
案由: 建請宣導並發函各縣市政府維持同性伴侶註記制度，並改良跨國同性伴侶註記相關單身證明文件要求，以維護尚未能進行同婚登記公民之權益。
說明:
一、查內政部於108年5月22日發布「司法院釋字第748號解釋施行法施行後戶籍登記因應作為」，就先前各地方縣市政府自行開辦之同性伴侶註記制度做出如下行政指導:
(一)國人與承認同性結婚國家人士（或者2位國人）於108年5月24日起已可辦理同性結婚登記，爰不再受理渠等之同性伴侶註記，如原有同性伴侶註記者，於辦理同性結婚登記後，該註記應予刪除。
(二)國人與承認同性結婚國家人士（或者2位國人）於108年5月24日起得辦理同性結婚登記，倘於一定期間未辦理同性結婚登記者，是否刪除其同性伴侶註記。業於108年5月14日函詢地方政府意見，再另案釋復。
(三) 國人與未承認同婚國家人士於108年5月24日起無法辦理同性結婚登記，仍可受理渠等之同性伴侶註記，另原有同性伴侶註記者，該註記亦不刪除。
二、職是，除了尚不能登記結婚之跨國同志伴侶之外，目前各縣市政府已不再接受新申請之同性伴侶註記。
三、然而，由於社會歧視或其他出櫃壓力因素等等，我國仍有一些同志公民目前尚未能選擇登記結婚，在此情形，其共同生活關係仍宜有一定方式證明(例如在就醫時提供同性伴侶註記證明給醫護人員以便利證明其為醫療法所稱「關係人」之身份而得簽署手術同意書)或以利主張彼此相當於若干法規中所稱家屬之身份，是同性伴侶註記制度具有保留實益，不宜在同婚專法上路後即貿然廢止。
四、此外，若干婚姻需境外面談國家之外籍人士因無法取得經驗證之單身證明，致實際上不但無法在我國登記同婚亦無法進行同性伴侶註記，宜有變通之道解決此困境。
辦法:
一、 請內政部研議並發函各縣市政府，鼓勵其等繼續接受新申請之同性伴侶註記，甚至考慮擴大開放予異性非婚伴侶登記使用。
二、 有鑑於部份跨國同性伴侶未能取得驗證過的單身證明，請研議宣導在戶政實務上同性伴侶註記的相關文件不限於單身證明，在可取得其他足資證明婚姻狀況且經我駐外館處驗證之文件，各戶政事務所得依個案情形審認，以確保跨國同性伴侶順利註記。
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