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美國約翰霍普金斯大學網站追蹤數據顯示，截至北京24日上午7時，全球至少211萬6294人死於中共病毒疫情，至少9857萬2942例確診。其病原體 SARS-CoV-2 的完整3D影像近日首度曝光。
綜合媒體報導，近日跨國團隊成功掃瞄出首個病原體的完整3D立體影像模型，中國北京清華大學團隊透過低溫電子顯微鏡，拍下41張各種角度的完整病原體照片，轉往沙特阿拉伯「阿布都拉國王科技大學」進行分析建構病毒3D影像。
再交由維也納工業大學的科學家創立的公司「Nanographics」，對原始影像進行後製影片，成功顯示最接近該病毒的真實面貌曝光。
💁🏻♀️去片【https://www.youtube.com/watch?v=3W7kr41S4x4】
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李嘉誠有份投資的人工智能公司DeepMind，幾年前在圍棋大賽之中響朵，今年就最新推出的AlphaFold 在兩年一次名為「蛋白質結構預測競賽」（CASP）比賽中，贏到開巷，被外國科學期刊形容為「格局的變革者」（a game changer），能讓人工智能在解決蛋白質結構方面「取得勝利」。
生物中有超過 2 億種蛋白質，但科學界只掌握當中約 17 萬種的結構。要了解這些形狀，研究人員才能了解細胞成分，幫助開發有效藥物，應用在醫療行業和社會上。但人類一直未能完全破解DNA之謎，只知道人體會藏着成千上萬種不同的蛋白質，而每種蛋白質包含數十到數百個氨基酸。這些氨基酸的排列，就會決定其三維（3D）形狀，當中「結構」和「形狀」又決定了蛋白質的功能。
而透過DeepMind的新技術Alphafold，就能夠顛覆過去的「X 射線晶體學」或「低溫電子顯微鏡」，以更快捷的實驗技術去解構蛋白質的 3D 結構無需花費數月甚至數年時間，去破解蛋白質結構。
每兩年一屆的 「蛋白質結構預測競賽」（CASP）就是一個試煉場，讓參賽隊伍推測約 100 種結構未明的蛋白質背後序列，部分小組負責計算每個序列的結構，部分小組則通過實驗確定結構，並為預測結果的準確程度評分。
這個比賽難度非常高，能在 100 分之中取得超過 90，成績已稱得上十分之高超，相當吻合實驗結果，而科技家在 2016 年，在最高難度組別只能取得約 40 分。
不過一切由DeepMind破局， 自 2018 年首次參加比賽，當時他們的算法 AlphaFold 也是基於這種比較策略，結合深度學習的計算方法，其中該軟件在龐大的數據庫，基於已知蛋白質的DNA序列和結構上進行訓練，並學習發現模式，當年已輕鬆獲勝，分數在每種結構上平均高於對手 15%，於最困難的目標贏得 GDT 最高約 60 分。
而在2020年的 CASP 比賽，AlphaFold 繼續獨領風騷，GDT 中位數得分高達 92.4，在對於最具挑戰性的蛋白質，中位數為更達 87，較次名最佳預測足足高出 25 分，一度更引起主辦者懷疑 DeepMind 可能是作弊！
蛋白質折疊成三維結構，一直堪稱是生物學上其一最大的謎團，未來依靠DeepMind，相信能夠促進人類文明，了解更多有關生命、醫學等周邊問題。可悲的是，當別人在關心這些科研議題，香港的創科局仍在停留於如何為「安心出行」跑數。
AlphaGo演化成Alphafold 征服蛋白質結構破解大賽
https://bit.ly/3qG9Bh2
有志氣的深耕
身為科技研究者，這禮拜中最為震撼也很興奮的事情，當屬諾貝爾獎的宣布了。每次的得主中，都有許多動人的故事，這次的獎項也不例外，而且似乎帶有不少洋蔥。這次獲得物理獎的發明，非常有意思，是所謂的「光學雷射鑷子」，光看名字就很吸引人。那是一種透過高度聚焦雷射束產生的力，可如同鑷子般精準夾取細胞或更小的物質，固定且不破壞研究目標，以進行各項研究。這跟去年的得獎作品，「捕捉生物分子私密生活的顯微鏡」有異曲通工之妙。去年的得獎發明是開發出特別的低溫電子顯微鏡技術，可以凍結活動中的生物分子並解析其立體結構，得以協助研究者看清各類生物分子，例如蛋白質等的結構。物理獎一公佈，科技部的主管們第一時間，就在群組中交換意見，大家認為未來真正突破且改變世界的發明，很顯然都是結合基礎研究—雷射光學、應用研究—生物、醫學觀察、以及動手做儀器設備。
此外，今年化學獎得主，阿諾德（Frances H. Arnold）則跟台灣及科技部有不少淵源，她是我們與加州理工學院國際合作的主持人。科技部科國司應該可以將她的合作故事好好發揮，以鼓勵更多國際合作。我上週與加州理工學院校長，Prof. Thomas Rosenbaum 晚宴時，他也一再感謝科技部提供的合作機會。阿諾德讀高中時，曾靠著在酒吧當服務生及開計程車來養活自己。現在是個抗癌鬥士，又是三個小孩的單親媽媽，真是非常不簡單。也許是生活上的歷練，造就她的性格，阿諾德談到1990年開始進行蛋白質工程研究，坦言有人認為她的研究方法「不科學」，她曾告訴《洛杉磯時報》：「我遇過很多年輕人，他們想要規劃人生，因此需要別人的路徑，而他們希望我告訴他們如何成功，但我不照著別人的路徑走，我只相信自己的直覺......許多事物在發明出來的當下，並沒有受到大眾注意，不過你要相信自己，如果有任何好的想法，就算別人說不好，也要順著自己的感覺去執行。」
最震撼我的還有獲得醫學獎的日本京都大學本庶佑教授，他直接就在報導中說：「不要盲信教科書，不要為了發表期刊做簡單的題目」。他曾經來台灣演講過，當時是在台大的管院正大廳。報導說，他在來台演講時就已提醒學生「不要相信教科書」，要仔細發現教科書中的不合理之處：「你必須心存懷疑，自己去思考為什麼。」，與阿諾德幾乎是同樣的觀念。本庶佑的觀念當然很值得我們深思，但更值得我們檢討的其實是，日本政府2001年曾宣布要增加科研經費、鼓勵研發創新，目標是在50年內拿下30個諾貝爾獎。我還記得，當時包括台灣許多媒體、學者，紛紛嘲笑日本政府「口出狂言」、「沒有大腦」，轉眼之間17年過去了，日本已成功拿下18個諾貝爾獎，而且本庶佑是日本的第26位諾貝爾獎得主。不管當時嘲笑人家的那些人做何感想，更重要的是，有沒有台灣可以學習的地方？
我在去年就已啟動台灣的諾貝爾人才培育規劃，也修改計畫審查要求計畫的原創性。就是期待，我們無論如何，也要有志氣的深耕，領導培育我們的學生們，不要跟著別人走，要發揮自己的天賦和潛能，常保好奇心，勇敢且有自信地從事研究。我也期待，科技部的夥伴們，在各種場合，也能有這種志氣，我們一定可以培養出我們自己的研究團隊做出有原創性，且總有一天會有社會效益的研究。身為研究工作者，我們的信念就是，做研究並不是有希望才做，而是因為我們努力做了，才能讓人們看到希望！
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