慈雲宮創建於清朝乾隆三十五年(西元1770年)，原本為一間簡陋的茅屋，直至清乾隆三十六年(西元1771年)才完成現今慈雲宮的基礎。
草創之初，由於唐山子民的大量踴至，香火亦隨之日益興旺，迨至清道光中葉，經過數十年風吹雨淋，建築早已老舊殘破，難以容納日日俱增信徒需求，於是，乃在一些熱愛鄉里，崇敬媽祖先賢們努力下，做了第一次修繕，後又隨著地方繁榮，與神恩的廣被，先後又於清同治、光緒年間再重修過一、兩次。
慈雲宮經歷過多次整修，民國五年(日大正五年、西元1916年)年底拆建整修，到民國二十四年時，遭逢後龍大地震，廟內許多建物都被震洫損壞，惟當時各地亦同遭震災禍害，故祇稍加修繕而一直勉強使用，到民國四十九年才再作整修，乃於民國五十一年完成整建。
最近一次的整修是在民國七十五年時，又倡議重新修建，但總經費二仟七佰多萬元卻一直無著落，幸經現任陳主任委員文一先生獨當大樑，於七十五年六月勸募動土興工，而在七十八年完成並於同年十一月舉行建醮大拜拜。
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