【AI浪潮席捲醫療業】透視5大類醫療影像辨識的AI應用場景
常見的醫療影像包括了X光、超音波、CT、MRI,以及近年興起的數位病理。由於拍攝技術不同,決定了影像性質和張數多寡,更影響了AI模型訓練的難易度和應用場景
文/王若樸 | 2019-04-16發表
醫療影像一直是窺視人體內部結構與組成的方法,其種類包括了X光攝影、超音波影像、電腦斷層掃描(Computed Tomography,CT)、核磁共振造影(Magnetic Resonance Imaging,MRI)、心血管造影和伽瑪射線等等。
其中,X光攝影、超音波攝影、CT、MRI,以及近來興起的數位病理,都是目前用來打造醫療影像AI常見的類型。這幾種影像因為拍攝技術不同,決定了影像性質和張數多寡,也影響了打造AI模型的難易度和應用場景。
就影像性質來說,臺北榮總放射線部主任郭萬祐表示,X光片、CT、MRI等影像的切片厚度(即每隔多少身體厚度拍攝1張斷層影像的距離)分別是0.16毫米、0.625毫米以及1~2毫米,與數位病理切片的0.11微米相比,解析度相對低,因此從硬體需求角度來看,是醫療影像AI的入門首選。
常見醫療影像AI的類型與應用場景
在這些醫學影像中,「X光和超音波屬於初階檢查,」中國附醫人工智慧醫學診斷中心主任黃宗祺表示,這兩類檢查的拍攝門檻不高,因此累積出大量、各式各樣的影像資料,滿足訓練AI模型的先決條件。
X光攝影是利用X光對不同密度物質的穿透性來成像,密度越高,X光穿透性就越低,在底片上的成像就越白,反之越黑。不過,臺大生醫電資研究所所長張瑞峰指出,「X光攝影將原本立體的多張橫切面影像疊壓為一張平面影像,」因此,一張X光影像中涵蓋了龐雜的訊息,不僅病灶可能會被組織、器官重疊處擋住,小於1公分的腫瘤也難以檢測出,得靠CT進一步檢查才行。
而超音波攝影,則是利用超高頻率的聲波來穿透人體,將不同組織反射回來的聲波轉換為畫面,來呈現體內組織或器官構造。超音波的好處是沒有輻射,但黃宗祺指出,超音波影像雜訊高,難以偵測初期病徵。就乳房腫瘤檢測來說,需要不斷追蹤,才能確定疾病狀況,但也可能因此錯過即早治療的時機。
因此,就X光和超音波來說,AI的應用場景,主要是協助醫生快速從訊息含量大的影像中,找出肉眼難以發現或容易忽略的初期病徵。在2年前,AI權威吳恩達的團隊所設計的CheXNet模型,以121層卷積神經網路(CNN)架構和美國國衛院釋出的胸腔X光資料集訓練而成,就可以做到早期偵測來輔助醫生診斷。
或像中國附醫所開發的乳癌超音波AI輔助分類系統,利用4萬多筆超音波影像和深度學習Xception架構打造而成,能在人眼難以判斷的初期階段,就偵測出腫瘤,「甚至早3、5年就發現了。」黃宗祺強調。
至於CT和MRI,「屬於進階檢查。」黃宗祺表示,兩者專門用來檢查腦、心、肺、腹部臟器等重要器官,門檻較X光和超音波高,成像也較清晰、細緻。但有別於X光片和超音波影像,CT屬於3D影像,透過X光來掃描人體,經電腦重組,以多張橫切面影像來呈現立體的檢查部位,並根據每張橫切面影像的間隔,分為厚切與細切,間隔越小,越能呈現完整的器官。單一次CT掃描可產生數百張影像,也才有機會能夠發現1公分以下的小型腫瘤。
MRI同樣也是一種3D影像,其原理是利用強大的磁場與人體內的氫質子產生共振,再透過電腦處理共振訊號後成像,可以清楚呈現出軟組織和重要器官的結構,像是腦、心、腹部臟器和骨骼關節等部位。MRI掃描一次可產生數百甚至數千張影像,畫質比CT更好。
要進行CT影像和MRI的影像辨識時,雖然醫生容易從清晰的影像中找到病灶,但這兩者每次掃描動輒就產生數百張影像,要從中尋找病灶,不管是標註還是診斷病情,都相當耗時。
臺北醫學大學副校長暨北醫附醫影像部主任陳震宇以肺結節CT掃描來說明,一次拍攝會產生500張影像,而醫生至少得花20分鐘,才能找出肺結節的位置。病人數量一多,醫生不僅要花更多時間來檢驗,準確率也會因長時間作業而下降。
不過,也因為人工判別CT和MRI相當費時,正是醫療影像AI擅長的的應用場景。這也是為何北醫附醫正計畫建置一套肺結節AI輔助偵測系統的緣故,就是為了縮短看片時間,讓醫生有更多時間在病人身上。
吳恩達研究團隊利用美國國衛院釋出的胸部X光資料集,打造出CheXNet模型,可辨別肺部14種疾病,並以熱成像圖來顯示病灶位置。
醫療影像AI新挑戰:數位病理切片
數位病理是醫界近幾年的新浪潮,可以將原本只能在顯微鏡下察看的病理切片,改成直接在電腦上進行。它的出現,是醫療影像AI的新方向,卻也是一個高難度的挑戰,因為數位病理的製作複雜,需經過組織處理、染色切片,以顯微鏡觀察、再掃描至電腦儲存,仰賴醫生專業經驗與時間。
不只如此,數位病理的檔案容量還相當大。與CT、MRI不同,數位病理和X光片一樣都是平面影像,但單一張影像的解析度卻比X光片、CT和MRI高上1,000倍,可達1GB至2GB。因此要拿來訓練AI,不只資料儲存是一大挑戰,訓練模型的時間也需要更久。以數位病理起家的臺灣AI醫療影像新創雲象科技就提到,曾有一次要用一個100層的殘差網路ResNet來訓練每張解析度高達1萬×1萬的影像,得靠GPU搭配600GB系統記憶體才能運算。
不過,臺灣在數位病理的AI應用已經起步了,林口長庚醫院就找來雲象科技開發了一套準確率高達97%的鼻咽癌偵測模組。北醫附醫已經開始將上千片肺癌數位病理交由放射科醫生,要展開部分標註的工作。臺北榮總今年也計畫投資數位病理。
然而,不管是哪種影像類型,在打造AI系統時,都會面臨資料收集的挑戰。也因此,科技部2年前特別發起醫療影像計畫,聯合國內3家大型醫學中心,要利用國人的醫療影像資料,來建置一個大型AI醫療影像資料庫,推動醫療影像AI的發展。
臺北醫學大學附設醫院自去年起,找來了10名擁有2年經驗以上的主治醫生,著手建置肺結節AI醫療影像資料庫,目前已完成1,500例的影像標註和語意標註,今年還要再新增2,000例。
附圖:【超音波影像AI實例】中國附醫旗下子公司長佳智能,開發一套乳癌超音波AI輔助分類系統,可以辨識乳房腫瘤及其良、惡性程度。目前,腫瘤辨識率達9成以上,而腫瘤良、惡性辨識率則約7成左右。(攝影/李宗翰)
X光影像AI實例
MR影像AI實例
臺北榮總與臺灣人工智慧實驗室以6個月的時間,打造出一套能在30秒內就揪出腦轉移瘤的AI系統DeepMets。今年4月份最新結果顯示,DeepMets準確率已達95%。 (攝影/洪政偉)
CT影像AI實例
數位病理影像AI實例
林口長庚醫院與雲象科技共同打造一套鼻咽癌AI偵測系統,由醫院提供數位病理切片資料,雲象負責進行模型訓練,經過2年優化,目前準確率達97%。 (圖片來源/雲象科技)
資料來源:https://ithome.com.tw/news/129973…
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【第13屆國家新創獎臺大蕭浩明 高憲立 張瑞峰 黃俊升 曾宇鳳 陳賢燁獲獎】
第13屆國家新創獎12月22日舉行頒獎典禮,共有107個機構、142個參賽項目,創下歷年參賽團隊數最高,現場近50個新創技術聯合展出。今年的參賽技術除了證明臺灣生技整體研發已朝向更具國際競爭門檻的項目外,也看到各團隊長遠的研發計劃,對於後續的上市流程、法規、國際專利、跨國臨床等技術更為成熟。
本屆新創獎臺灣大學團隊有4件參賽項目獲獎,臺大機械系蕭浩明教授團隊與臺大醫院心臟內科高憲立教授團隊合作,以「快速評估腦中風及心血管疾病風險之非侵入式影像技術」之創新設計概念贏得了評審的高度青睞,於眾多研究中脫穎而出,榮獲「學研新創獎」與大會殊榮「最佳產業效益獎」。
蕭浩明教授與高憲立教授獲獎的創新非侵入式非接觸式頸動脈狹窄檢測技術,利用影像處理及特徵量化方法,將人眼所無法辨視之體表細微變化放大,並擷取其中特徵差異進行量化處理,從中歸納出與特定疾病之關係,以達到疾病檢測功能,可應用多種疾病之快速檢測。
臺大資訊所張瑞峰教授和臺大醫院乳房醫學中心黃俊升主任研發「手持式超音波乳房影像掃描定位及診斷輔助系統」獲得生策會第13屆國家新創獎-最佳產業效益獎及臨床新創獎。「手持式超音波乳房影像掃描定位及診斷輔助系統」提供可用以輔助臨床醫生掃描及診斷乳房超音波影像系統,該技術利用磁波定位器及超音波影像分析,改善目前乳房超音波檢測定位不夠精準且檢查耗時的問題,和雲端結合可支援偏遠地區進行乳房腫瘤超音波診斷,提升醫療品質。
資訊工程學系曾宇鳳教授為首所領導的臺大交大國衛院 RS-D7 研發團隊以「治療思覺失調症相關症狀之新型NMDA受體調控劑」榮獲學研組新創獎,主要針對思覺失調症的負性症狀及認知障礙進行新藥研發,若研發之新藥未來能如期上市,將可造福眾多深為思覺失調症嚴重負性症狀及認知障礙所苦的病人及其辛苦照顧的家屬們,提升精神疾病醫療照護品質與功效。
學研組新創獎另一獲獎人化工系陳賢燁教授研究團隊以「可調控光學特性及生物功能之人工水晶體」奪得。此得獎作品參賽成員為本校化學工程學研究所碩士班學生蔡亞庭及謝洪斌,由本校化工系陳賢燁教授指導。
本新創研發展示了一款透過化學氣相沉積封裝法(chemical vapor deposition encapsulation),合成功能性聚對二甲苯(functionalized poly-p-xylylenes, PPX)並包覆液體所製備的新型人工水晶體(intraocular lens, IOL),未來可針對特殊白內障病患之用眼需求進行「客製化」精準設計,依照患者的個別差異調整曲面彎度,一併解決遠視、近視及老花問題,也可減少手術後水晶體鈣化、二次白內障等白內障患者的困擾,此對白內障患者日益增加的臺灣是一大福音。
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※ 本文是否可提供臺大同學轉作其他非營利用途?(須保留原作者 ID)
(是/否/其他條件):是
哪一學年度修課:109-1
ψ 授課教師 (若為多人合授請寫開課教師,以方便收錄)
張瑞峰
λ 開課系所與授課對象 (是否為必修或通識課 / 內容是否與某些背景相關)
資工所、網媒所、生醫電資所選修
δ 課程大概內容
ITK, VTK, MITK, OpenCV
MIP packages
MeVisLab
GPU, OpenCL, ITK 4.0/GPU Acceleration
Introduction
Imaging systems
Medical images obtained with ionizing radiation
Medical images obtained with non-ionizing radiation
Image Storage and Transfer
Fundamentals of digital image processing
Image enhancement in the spatial domain
Image enhancement in the frequency domain
Image restoration
Morphological image processing
Image segmentation
Feature recognition and classification
Deep Learning
Three-dimensional visualization
Statistic analysis and SPSS
Ω 私心推薦指數(以五分計) ★★★★★
★★★★
感覺對非生醫電資背景的人來說,有些上課內容可能會比較難以理解
η 上課用書(影印講義或是指定教科書)
投影片
μ 上課方式(投影片、團體討論、老師教學風格)
投影片為主
前幾週會先講醫學影像處理常用的工具
有些比較細的地方,老師會說 看看就好
有時候會講到跟醫院的合作計畫的實務經驗
σ 評分方式(給分甜嗎?是紮實分?)
HW 30%
期末考 30%
Final Project 40%
ρ 考題型式、作業方式
作業是用 MeVisLab 切割 tumor
然後寫心得
期末考是 10 題簡答題
closed book
Final Project:
自訂題目,但必須與醫學影像處理相關,1-2人一組,程式語言及工具不限
第 17 週是期末考
原本預計最後一週是要上去講 Final Project 做了什麼
後來改成只要上傳報告
ω 其它(是否注重出席率?如果為外系選修,需先有什麼基礎較好嗎?老師個性?
加簽習慣?嚴禁遲到等…)
不重出席
我之前沒有太多相關背景,很多地方沒能聽懂
感覺組隊來修,對 HW 和 Final Project 會比較有幫助
3 類加選
學期快結束的時候,有提到下學期會開的 深度學習於醫學影像
所以就講了一些 deep learning 相關的內容
還有提到一個免費的線上研討會的資訊
Ψ 總結
自認沒有學得很好,怕會上來誤導大眾
但最近發覺評價文越多越好
所以就來分享一點經驗
有錯請指正~
--
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※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/NTUcourse/M.1612429009.A.B81.html
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