【SEMI is More|精準醫療:DNA定序與分子診斷🧬】
DNA定序科技產業發展至今已有40餘年,其技術現已被廣泛使用。近年來半導體技術的發展將有機會與醫療產業產生跨領域火花。今天SEMI和大家分享DNA定序與分子診斷如何實現未來精準醫療目標!
▍去中心化DNA定序架構的創新與應用
隨著定序機台與方法多樣性的增加、成本的降低,未來DNA定序應該能往臨床應用或消費型用途發展。想像一下,未來的小型DNA定序儀將如同智慧型手機或微型電腦,掌握在終端消費者手中!這樣的「去中心化(decentralized)」概念讓DNA定序有機會作為未來智慧醫療的一環🌟
▍分子診斷如何達到「精準醫療」目標
傳統治療偏向於一體適用,即一種藥適用於所有病人。隨著醫療進步,將個人基因、環境、生活方式等個體差異都納入考量,擬定個人疾病的治療與預防的新興方法—「精準醫療」逐漸興起。而醫療行為中有超過七成為根據診斷做出決策,因此當精準醫療不斷發展,也讓檢測產品扮演了提升療效的重要角色,檢體涵蓋範圍非常廣泛,近年來分子診斷(Molecular Diagnostics)成為產業競爭之地。
#什麼是分子診斷
利用生物的遺傳物質—「核酸」做為診斷標的,分子診斷屬於體外診斷之一,主要可以應用在腫瘤基因檢測、遺傳疾病檢測、藥物基因組學、感染性疾病篩檢等,其主要技術包括:液態晶片、多重基因表達遺傳分析系統 (GeXP)、SNP (單核甘酸多型性)、時間飛行質譜生物晶片系統 (Sequenom Mass ARRAY System)。
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dna定序應用 在 劉漢文醫師 Facebook 的最佳解答
如果病人知道胰島素的歷史,還有人會怕打胰島素嗎?
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【胰島素 100 年回顧歷史】- 林瑞祥教授
1920 年 28 歲的骨科醫師 Frederic Grant Banting 在加拿大 Ontario 州 London 市開業。剛開業的 Banting 醫師病人少,開始在當地的 University of Western Ontario 醫學院的解剖學科和生理學科擔任兼職的助教。
十月為了準備有關胰臟的上課材料到圖書館,偶然注意到剛到的期刊 Surgery Gynecology and Obstetrics 內一篇由病理學家 Moses Barron 寫的研究報告:「特別參照胰臟結石症討論郎氏小島與糖尿病的關係」。Barron注意到胰管結石後,各種消化酵素滯留在胰臟內活化,破壞製造消化酵素的細胞,但是郎氏小島因與胰管沒有連結,沒有受影響。
Banting 讀完 Barron 的論文後推想過去三十年大家失敗的原因可能是抽取糖尿病有效物質時,被消化酵素破壞殆盡。當天半夜Banting醒來在小本子上疾書:「結紮狗的胰管,讓狗活到腺胞退化變性,只剩胰小島。然後嘗試抽取內分泌物質」。
接受同事的建議,Banting 回母校 Toronto 大學醫學院找生理學教授 John R.R. MacLeod。由於 Banting 沒有研究經驗,MacLeod 起初不看好 Banting 的研究計畫,但拗不過再三的請求,同意 1922 年暑假回故鄉蘇格蘭期間,讓 Banting 利用生理學研究室做實驗。
MacLeod 特別安排攻讀生化和生理學四年級的學生 Charles Best 協助 Banting 做實驗。1921 年 5 月中旬 Best 考完畢業考試後第二天立即開始做實驗。第一次結紮狗的胰管失敗,第二次成功。取出萎縮的胰臟,剪成碎片,在乳鉢內利用生理鹽水和海砂研磨。萃取液用紗布過濾後,靜脈注射事先切除胰臟的狗。血糖從 360 降到 320 mg/dl。再注射抽取液,血糖更降。成功了!
起先 Banting 及 Best 稱胰島素為 Isletin。後來 MacLeod 教授建議採用 1910 年 Jean de Meyer 起的名子 Insulin (拉丁文 Insula,島)。
1921 年 12 月底,Banting 和 Best 到 Connecticut 州 New Heaven 市參加美國生理學會年會,正式向外宣佈發現胰島素。
1922年一月,利用當時在 Toronto 大學生化學科擔任客座教授的 J. B. Collip 協助純化的胰島素,給即將陷入酮酸中毒的 14 歲男童 Leonard Thompson 注射,成功的救回一命。
Banting 和 Best 取得胰島素的專利,並把專利以一元賣給 Toronto 大學。後者組織胰島素委員會,統籌胰島素的品質管理,提供專利使用權給任何合法的藥廠。
1923 年醫學或生理學的 Novel 獎頒給 Banting 和 MacLeod。Banting 領獎後宣布,他領受的獎金的一半送給 Charles H. Best。不服輸的 MacLeod 馬上宣布將他領受的獎金的一半送給 J. B. Collip。
1922 年初夏禮來公司開始小規模生產胰島素。到了秋天禮來公司的化學工程師 George Walden 發現,在抽取純化過程裡利用蛋白質在等電點容易沉澱的原理,將抽取液的酸鹼值調整為胰島素的等電點(pH 5.4),可讓胰島素的抽取量最大化。於是 1923 年開始大量生產胰島素,以 Iletin為名銷售。
Toronto 大學附設的藥廠 Connaught Laboratories 也在 Charles H. Best 的協助下生產胰島素,稱為 Insulin Toronto。這種原始的不加修飾的短效胰島素在美國通常稱為 regular insulin (正規的胰島素),在英國稱為 soluble insulin (可溶性胰島素)。
1923 年 Richard Murlin 注意到,給高血糖的病人注射胰島素時,血糖先稍許上升,然後逐漸下降。當時的胰島素不夠純,他從胰島素抽取液中分離出使血糖上升的物質,並命名為升糖素。
1925 年胰島素委員會首次對胰島素的生物活性下定義:1 mg 胰島素具有 8 單位的生物活性。每一單位的生物活性則依據注射胰島素後血糖下降的幅度 (兔) 或血糖下降引發痙攣的程度 (鼷鼠, mouse) 決定。
1926 年 JJ Abel 成功地讓胰島素形成結晶,有助於往後提升胰島素的純化工作。近年胰島素的純度提升到 26-30 單位/mg。1967 年
Donald Steiner 發現先胰島素 (proinsulin) 時使用 Sephadex G50 分子篩色層分析法分開分子量大約 9000 的先胰島素和分子量大約 6000 的胰島素。1973 年 Novo 公司利用這個原理應用在胰島素的純化工作上,成功地推出「最純的單成分胰島素」。
若干年後 Nordisk Insulin Laboratorium 也生產單成分胰島素。在台大醫院試用 Nordisk 的單成分胰島素期間,我利用 polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE,聚丙烯醯胺膠體電泳) 證實 Nordisk 的胰島素確實是單成分,但同時當作對照樣品的 Novo Monocomponent Insulin (取自台大醫院藥房) 則出現少量的第二個成分。Novo 公司解釋單成分胰島素溶液放置幾個月後會自然形成胰島素胱胺 (insulin amide)。Novo 公司寄來剛生產的 Monocomponent 胰島素,果然在 PAGE 中只看到一條線。
初期生產的胰島素濃度只有每西西 5 單位,到了 1926 年世界各地可以買到每西西 10、20、40 單位的胰島素。1960 年筆者在 Boston 開始照顧病人時只有 U40 和 U80 胰島素兩種濃度。偶而有些病人誤用 U40 注射器注射 U80 胰島素,導致注射雙倍劑量的胰島素,發生低血糖反應。因此美國在 1972 年開始花兩年時間停用 U40 和 U80 胰島素,改用 U100 胰島素。使用植入性胰島素泵 (Implantable pump) 的病人和極端肥胖的病人需要用到 U500 胰島素。
早期只有正規胰島素 (RI),濃度低 (U5)、純度不夠、針頭粗,注射部位又痛、又癢,加上作用時間頂多 8 小時,每天需要注射 3 到 4 次。記得 20 年前我還在台大醫院服務時,遇見一位德國籍的中年病人,每 8 小時皮下注射正規胰島素:早上六點鐘,下午兩點鐘,晚上十點鐘。
1920 年丹麥哥本哈根大學動物生理學的教授 August Krogh 獲得諾貝爾醫學或生理學獎。1922 年前往北美洲演講時,因為夫人 Marie Krogh 醫師患糖尿病,而且也照顧數位有糖尿病的病人,特別前往加拿大多倫多大學醫學院探訪 MacLeod 教授。Krogh 教授免費獲得在丹麥製造胰島素的專利和技術,回國後 Krogh 教授與 Hans Christian Hagedorn 醫師合作,1923年成立 Nordisk Insulinlaboratorium,開始製造胰島素。
Hagedorn 醫師在 1921 年獲得哥本哈根大學醫學博士學位。論文的標題是:人類血糖的控制。論文內描述他自己改良的簡易血糖測定方法。1923 年 Hagedorn 醫師雇用兩位兄弟,Thorvald Pedersen 藥師和 Harald Pedersen 工程師(金屬工匠)。由於 Thorvald Pedersen 與 Hagedorn 醫師意見不合,1924 年兩位兄弟離開,1925 年正式成立 Novo Terapeutisk Laboratorium製 作Insulin Novo。Harald Pedersen 製作皮下注射器 Novo Syringe,供注射I nsulin Novo。
1936 年 Hagedorn 發現讓鹼性胜肽 Protamine (魚精胜肽) 和酸性胰島素結合後,形成 Protamine Insulin (Insulin Leo Retard) 可延長胰島素的作用兩倍,但經過 Toronto 大學附設 Connaught Laboratory 的 Scott 和 Fisher 的建議,添加鋅,做成 Protamine Zinc Insulin (PZI) 後,作用時間延長到 36 小時。
病人在早餐前注射 PZI 後,血糖在中午後才開始下降。為了控制早上的血糖,需要在早餐前另外注射短效胰島素 (RI)。可是 RI 不能和 PZI 混合後注射,因為 PZI 中有多量魚精胜肽,會結合 RI,使之成為 PZI。Nordisk Insulinlaboratorium 繼續改良 PZI,減少魚精胜肽,用胰島素飽和 (中和) 魚精胜肽上與胰島素結合部位,1946 年產生 Neutral Protamine Hagedorn (NPH) 胰島素。
以豬或牛胰島素製成的 NPH 胰島素作用時間約有 24 小時,但後來用人胰島素做成的 NPH 胰島素的作用時間大約縮短三分之一。
NPH 胰島素的好處是可與 RI 混合使用。NPH 胰島素長期很受歡迎, 但畢竟含有人體內沒有的魚精胜肽,有極少數病人產生嚴重的過敏現象。所幸 Novo 公司的 Knud Hallas-Møller 利用 pH 4 的醋酸鹽緩衝液,讓胰島素和大量的鋅產生大結晶,皮下注射後慢慢釋放胰島素,使作用時間延長到 36 小時,稱為 Ultralente insulin (超緩胰島素)。
製作鋅胰島素結晶時,上澄液中有和鋅沒有形成結晶的胰島素的溶液,可做成作用時間比正規胰島素稍長的 Semilente insulin (半緩胰島素)。70% Ultralente Insulin 和 30% Semilente insulin 混合,形成 Lente Insulin (緩胰島素),其作用時間與 NPH Insulin 相當。Lente 系列胰島素在1954年上市。
桑格 (Frederick Sanger) 在 1955 年將胰島素的胺基酸序列完整地定序出來,同時證明蛋白質具有明確構造。這項研究使他單獨獲得了 1958 年的諾貝爾化學獎。1950 年代後期到 1965 年左右,多人嘗試利用有機化學的方法試圖合成胰島素。1975 年時,桑格發展出一種稱為鏈終止法(chain termination method)的技術來測定 DNA 序列,這種方法也稱做「雙去氧終止法」(Dideoxy termination method)或是「桑格法」。這項研究後來成為人類基因組計畫等研究得以展開的關鍵之一,並使桑格於 1980 年再度獲得諾貝爾化學獎。
1978 年 Goeddel 等利用 plasmid 製造人胰島素基因片段,插入大腸桿菌基因,製造人胰島素。1982 年禮來公司開始出售 Humulin。單體 (monomeric) 胰島素溶液裝在甁中容易形成小纖維,只好加鋅及苯酚 (phenol),讓胰島素圍繞鋅形成穩定的六合體 (hexamer)。
六合體胰島素注入皮下組職後,分解成雙合體及單體胰島素後進入微血管內。為了加速六合體的分解速度,出現 Lispro insulin, Insulin Aspart 及 Glulisine 等速效胰島素。為了改善 NPH 胰島素的高峰和作用時間過短的問題,出現 NovoSol Basal,Glargine,與 Insulin degludec (Tresiba®) 等長效胰島素。
dna定序應用 在 逆齡抗癌汪郁榮醫師 Facebook 的最佳解答
基因體重新排列組合是眾多癌症的關鍵特徵之一,它能加快突變的癌細胞生長,且幫助其產生抗藥性,使抗癌療法失效。
所有的癌症最初的開端都與基因🧬的各種錯誤有關,人體每天都有基因複製的出錯,但也有自我除錯修正的機制。然而一旦出錯大於除錯,日積月累下來小則是器官功能衰退(就是老化,例如皮膚的角化丶肉芽、斑塊增加⋯),大則成為癌症。
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染色體破碎幫助癌細胞基因體和 ecDAN 大規模重排
近日,加州大學聖地牙哥分校醫學院的研究團隊發現「染色體破碎」(chromothripsis)會導致癌細胞基因體和染色體外 DNA(extra-chromosomal DNA, ecDNA)的大規模重新排列,進而幫助突變的癌細胞不僅逃避治療,而且更具攻擊性。該研究刊登於《Nature》期刊。
該研究團隊發現,在發生染色體破碎的過程中,細胞中的一條染色體被破碎成許多碎片,而在某些情況下甚至會被分解成數百個碎片,然後以重新排列的順序重新組裝。有些片段丟失了,而另一些則保留為 ecDNA。
先前研究發現,在許多類型的癌症中,多達一半的癌細胞含有 ecDNA 這些致癌基因。他們發現,這些 ecDNA 的一些元素能促進癌細胞生長,並形成名為「雙微體」(double minutes)的微小染色體。
染色體破碎如何幫助癌細胞產生抗藥性?
首先,該研究團隊利用 Hi-C 染色體構象捕獲技術和全基因體定序來確定癌細胞基因擴增的步驟以及對化療藥物 methotrexate 抗藥性的機制。另外,他們還確定了染色體內基因擴增後,染色質去磷酸酶如何驅動 ecDNA 的形成。
染色體破碎在最初在低表現藥物選擇下形成染色體內擴增(內部),過程中,染色體持續「破裂-融合-搭橋」循環中,產生 1 兆鹼基(100 megabases)長度的擴增子,並被夾在間期搭橋中(interphase bridges),然後破碎,從而產生了微核,其微囊化的 ecDNAs 是染色質的底物,再透過多聚ADP 核醣聚合酶(Poly ADP-ribose polymerase, PARP)為細胞進行修復功能時的重要蛋白質和 DNA依賴蛋白激酶(DNA-dependent protein kinase, DNA-PKcs)的催化次單元轉換為染色體外(外部)擴增,然後擴增的 ecDNA 可以幫助那些因化療或放射療法而受損的癌細胞 DNA 重新整合到染色體位置。
未來應用
該研究不僅描繪出染色質增生在癌細胞中 DNA 生命週期的作用,更解釋了癌細胞如何變得更具侵略性或產生抗藥性。未來可以針對此路徑,去設計且開發新的藥物,來防止抗藥性的產生,進而改善癌症患者的存活率和生活品質。
參考資料:
1. Nature (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-03064-z
文章引述來源:
https://geneonline.news/index.php/2020/12/25/chromothripsis-drug-resistance/?fbclid=IwAR1yfZ32yGmU1OofBBa8R2UuS-1dgDWe5zdf9bLk-zCXptiiK4WXaDILYmc
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