接受完化療的病人的免疫力比正常人低，常常會有真菌感染，所以經常都用到amphotericin B這種抗真菌藥。它可以與真菌細胞膜上的ergosterol結合，並在它表面鑽孔，令細胞膜失去功能，從而令真菌死亡。但這種抗真菌藥毒性很強，使用時很麻煩。
它可以引起注射反應，令病人出現發燒、打冷顫、血壓下降等反應，所以需要在病人第一次試用時先下一個低劑量的test dose，試一試病人的反應，如果沒有反應才可以繼續。另外我們也需要給病人piriton及hydrocortisone等藥物去預防反應。
Amphotericin B另一個問題是會影響肝功能及腎功能，所以我們要定期監測病人的肝腎功能，有需要時可能要調較劑量及減慢注入藥物的速度。
它也會引起電解質失調，特別是低血鉀及低血鎂，所以我們要給病人鉀丸補充鉀質，並處方amiloride去減慢鉀及鎂在尿液中流失的速度，而且我們要每天監察病人的電解質。小弟就見過病人用了amphotericin B之後血鉀突然降至2.1！
如果病人有嚴重的真菌感染，同時腎功能很差，就可以使用一種liposomal amphotericin B的配方，它用了脂質分子與amphotericin B結合，可以有效減輕amphotericin B的毒性。問題是它非常非常貴。史丹福曾有一個病人因急性白血病入院，用化療後有tumour lysis syndrome，令他出現急性腎衰竭，但他同時有嚴重的肺部真菌感染，嚴重得要用呼吸機呼吸。病人最終被送到ICU，用了十幾天liposomal amphotericin B，十幾天的藥總值二十多萬！😱😱😱
