【mRNA疫苗臨床試驗95%有效! mRNA疫苗會是COVID-19的救世主嗎?】:發表在新英格蘭醫學期刊(NEJM)上的兩篇論文提到【註1】,兩個mRNA疫苗臨床研究分別收案3萬多人與4萬多人,在打完疫苗之後的兩個月追蹤當中,施打疫苗讓COVID-19感染率減少了95%!【註3】
在本文開始前,在此先簡述說明一下「分子生物學的中心法則」,建立對DNA、RNA、mRNA的基礎認識。
■分子生物學的中心法則 (central dogma)(圖1)
用最簡單最直接的方式來描述的話,生物體的遺傳訊息是儲存在細胞核的DNA中,每次細胞分裂時,DNA可以複製自己 (replication),因而確保每一代的細胞都帶有同樣數量的DNA。
而當細胞需要表現某個基因時,會將DNA的訊息轉錄 (transcribe) 到RNA上頭,再由RNA轉譯 (translate) 到蛋白質,而由蛋白質執行身體所需要的功能。這也就是所謂的分子生物學的中心法則 (central dogma)。
對於最終會製造成蛋白質的基因來說,RNA是扮演了中繼的角色,也就是說遺傳訊息本來儲存在 DNA 上頭,然後經過信使 RNA (messenger RNA, mRNA) 的接棒,最後在把這個訊息傳下去,製造出蛋白質。【註4】
■冠狀病毒的基因組由RNA構成
RNA不如DNA穩定,複製過程容易出錯,因此一般RNA病毒的基因組都不大。但冠狀病毒鶴立雞群,基因組幾乎是其他RNA病毒的三倍長,是所有RNA病毒中最大、最複雜的種類。
冠狀病毒還能以重組RNA的方式,相當頻繁地產生變異,但是基因組中位在最前端的RNA序列相對穩定,因為其中有掌控病毒蛋白酶與RNA聚合酶的基因,一旦發生變異,冠狀病毒很可能無法繼續繁衍。
目前抗病毒藥物的研發策略之一,正是設法抑制病毒RNA複製酶(RdRp)。而最前端的RNA序列也是現階段以反轉錄聚合酶連鎖反應(RT-PCR)檢驗新冠病毒時鎖定的目標。中央研究院院士賴明詔表示,不同病毒的核酸序列當中還是有各自的獨特變異,正好用來區分是哪一種冠狀病毒。【註5】
■SARS-CoV-2是具有3萬個鹼基的RNA病毒
中國科學院的《國家科學評論》(National Science Review)期刊【註2】,2020年3月發表《關於SARS-CoV-2的起源和持續進化》論文指出,現已發生149個突變點,並演化出L、S亞型。
病毒會變異的原因可略分成兩種:
▶一是「自然演變」
冠狀病毒是RNA病毒,複製精準度不如DNA病毒精準度高,只要出現複製誤差,就是變異。
▶二是「演化壓力」
當病毒遇到抗體攻擊,就會想辦法朝有抗藥性的方向演變,找出生存之道。【註6】
■mRNA 疫苗是一種新型預防傳染病的疫苗
近期,美國莫德納生物技術公司(Moderna)與輝瑞公司(Pfizer),皆相繼宣布其COVID-19 mRNA疫苗的研究成果。
莫德納公司在2020年11月30日宣布他們的mRNA-1273疫苗在三期臨床試驗達到94.1%(p<0.0001)的超高保護力,受試者中約四成為高風險族群(患糖尿病或心臟病等),7000人為高齡族群(65歲以上),另也包含拉丁裔與非裔族群(報告中未提到亞洲裔)。
傳統大藥廠輝瑞公司,亦在美國時間11月18日發佈令人振奮的新聞稿:他們的RNA疫苗(BNT162b2)三期臨床試驗已達設定終點,保護力高達95%(p<0.0001)。該試驗包含了4萬名受試者,其中約有四成受試者為中高齡族群(56~85歲),而亞洲裔受試者約占5%。
■mRNA疫苗為什麼可以對抗病毒?
為什麼mRNA疫苗會有用?就讓我們先從疫苗的原理「讓白血球以為有外來入侵者談起」。
在過往,疫苗策略大致上可分為兩種:
● 將病毒的屍體直接送入人體,如最早的天花疫苗(牛痘,cowpox)、小兒麻痺疫苗(沙克疫苗,polio vaccines)、肺結核疫苗(卡介苗,Bacillus Calmette-Guérin, BCG)以及流感疫苗等。
✎補正
卡介苗 BCG(Bacillus Calmette-Guerin vaccine) :卡介苗是一種牛的分枝桿菌所製成的活性疫苗,經減毒後注入人體,可產生對結核病的抵抗力,一般對初期症候的預防效果約85%,主要可避免造成結核性腦膜炎等嚴重併發症。
▶以流感疫苗為例,科學家通常先讓病毒在雞胚胎大量繁殖後,再將其殺死,也有部分藥廠會再去除病毒屍體上的外套膜(envelope),進一步降低疫苗對人體可能產生的副作用後,再製成疫苗。
● 將病毒的蛋白質面具,裝在另一隻無害的病毒上再送入人體,如伊波拉病毒(Ebola virus disease, EVD)疫苗等。
▶以伊波拉病毒疫苗為例,科學家會剪下伊波拉病毒特定的醣蛋白(glycoproteins)基因,置換入砲彈病毒(Rhabdoviridae)的基因組中,使砲彈病毒長出伊波拉病毒的醣蛋白面具。
上述例子都是將致命病毒的部分殘肢送入人體,當病毒被樹突細胞(dendritic cells)或巨噬細胞(macrophages)等抗原呈現細胞(antigen-presenting cell, APC)吃掉後,再由細胞將病毒殘肢吐出給其他白血球,進而活化整個免疫系統,然而,mRNA疫苗採取了更奇詭的路數 - 「讓人體細胞自己生產病毒殘肢!」
■mRNA 疫苗設計原理(圖2)
將人工設計好可轉譯出病毒蛋白質片段的mRNA,包裹於奈米脂質顆粒中,送入淋巴結組織內,奈米脂質顆粒會在細胞中釋出RNA,使人體細胞能自行產出病毒蛋白質片段,呈現給其他白血球,活化整個免疫系統。
■mRNA疫苗設計流程(圖3)
1「科學家獲得病毒的全基因序列」
因社群媒體的發達、公衛專家、病毒研究者以及期刊編輯的努力,這次的COVID-19病毒序列很快的被發表;中國北京疾病管制局的研究團隊,挑選了九位患者,其中有八位,都有前往華南海鮮市場的病史,並從這些患者採取了呼吸道分泌物的檢體,運用次世代定序 (NGS,Next Generation Sequencing) 的方式,拼湊出新型冠狀病毒全部與部分的基因序列。並陸續將這些序列資料,提供給全世界的病毒研究者交互確認,修正序列的錯誤。
2「解析病毒基因群裡所有的功能,選定目標蛋白質(Covid-19病毒棘蛋白質)」
以冠狀病毒為例,通常會選病毒表面的棘狀蛋白(spike protein)。因為棘蛋白分布於病毒表面,可作為白血球的辨識目標,同時病毒需透過棘蛋白和人體細胞受體(receptor)結合,進而撬開人體細胞,因此以病毒繁殖的策略而言,此處的蛋白質結構較穩定。
3「製造要送入人體的mRNA,挑選出會製造棘蛋白的mRNA進行修飾」
挑選會轉譯(translation)出目標蛋白質的mRNA,並進行各項修飾,以提高該人工mRNA在細胞裡被轉譯成蛋白質的效率。如:輝瑞的mRNA疫苗(BNT162b1)選用甲基化(methylation)後的偽尿嘧啶(1-methyl-pseudouridine)取代mRNA裡的原始尿嘧啶(uracil, U),有助於提升mRNA的穩定性,並提高mRNA被轉譯成病毒棘蛋白的效率。
4「將人工mRNA裹入特殊載體,將mRNA包裹入特殊載體顆粒中」
因為mRNA相當脆弱且容易被分解,因此需要對載體進行包裹和保護。然而,有了載體後,接踵而來的問題是「該怎麼送到正確的位置(淋巴結)?」。而輝瑞和莫德納不約而同地都選用了奈米脂質顆粒(lipid nanoparticles)包裹mRNA載體,奈米脂質顆粒通常由帶電荷的脂質(lipid)、膽固醇(cholesterol)或聚乙二醇(polyethylene glycol, PEG)修飾過的脂質等組成,可以保護RNA,並將mRNA送到抗原呈現細胞豐富的淋巴結組織。
5「包覆mRNA的奈米脂質顆粒,注射在肌肉組織」
使其能循環到淋巴結,被淋巴結中的細胞吃掉。奈米脂質顆粒釋放出mRNA,使細胞產出病毒蛋白質片段,進而呈現給其他白血球並活化整個免疫系統。【註7】
mRNA可將特定蛋白質的製造指示送至細胞核糖體(ribosomes)進行生產。mRNA 疫苗會將能製造新冠病毒棘狀蛋白的 mRNA 送至人體內,並不斷製造棘狀蛋白,藉此驅動免疫系統攻擊與記憶此類病毒蛋白,增加人體對新冠病毒的免疫力,最終 mRNA 將被細胞捨棄。
值得注意的是,由於 mRNA 疫苗並無攜帶所有能製造新冠病毒的核酸(nucleic acid),且不會進入人體細胞核,所以施打疫苗無法使人感染新冠病毒。
Pfizer、BioNTech 研發的 BNT162b2 是美國第 1 個取得 EUA 的 mRNA 疫苗,施打對象除成年人,還包含 16 歲以上非成年人。且相比 Moderna 製造的 mRNA-1273 疫苗,患者施打第 2 劑 BNT162b2 的副作用較輕微。
Moderna 也不遑多讓,mRNA-1273 於 2020 年 12 月中取得 EUA,且具備在 -20°C 儲存超過 30 天的優勢。在臨床試驗中,使用 mRNA-1273 的 196 位受試者皆無演變成重度 COVID-19,相較安慰劑組中卻有 30 人最終被標為重度 COVID-19 患者。【註8】
為了觸發免疫反應,許多疫苗會將一種減弱或滅活的細菌注入我們體內。mRNA疫苗並非如此。相反,該疫苗教會我們的細胞如何製造出一種蛋白質,甚至一種蛋白質片段,從而觸發我們體內的免疫反應。如果真正的病毒進入我們的身體,這種產生抗體的免疫反應可以保護我們免受感染。【註9】
【Reference】
▶DNA的英文全名是Deoxyribonucleic acid,中文翻譯為【去氧核糖核酸】
▶RNA 的英文全名是 Ribonucleic acid,中文翻譯為【核糖核酸】。
1.來源
➤➤資料
∎【註1】
Baden LR, El Sahly HM, Essink B, et al. Efficacy and Safety of the mRNA-1273 SARS-CoV-2 Vaccine. N Engl J Med. 2020 Dec 30:NEJMoa2035389. doi: 10.1056/NEJMoa2035389. Epub ahead of print. PMID: 33378609; PMCID: PMC7787219.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2035389
Polack FP, Thomas SJ, Kitchin N, et al. Safety and Efficacy of the BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccine. N Engl J Med. 2020 Dec 31;383(27):2603-2615. doi: 10.1056/NEJMoa2034577. Epub 2020 Dec 10. PMID: 33301246; PMCID: PMC7745181.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2034577
∎【註2】
Xiaoman Wei, Xiang Li, Jie Cui, Evolutionary perspectives on novel coronaviruses identified in pneumonia cases in China, National Science Review, Volume 7, Issue 2, February 2020, Pages 239–242, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa009
∎【註3】
▶蘇一峰 醫師:https://www.facebook.com/bsbipoke
▶中時新聞網 「mRNA疫苗臨床試驗95%有效 醫:哪國搶到就能結束比賽」:
https://www.chinatimes.com/realtimenews/20210104004141-260405?chdtv
∎【註4】
( 台大醫院 National Taiwan University Hospital-基因分子診斷實驗室)「DNA、RNA 以及蛋白質」:https://www.ntuh.gov.tw/gene-lab-mollab/Fpage.action?muid=4034&fid=3852
∎【註5】
《科學人》粉絲團 - 「新冠病毒知多少?」:https://sa.ylib.com/MagArticle.aspx?id=4665
∎【註6】
(報導者 The Reporter)【肺炎疫情關鍵問答】科學解惑 - 10個「為什麼」,看懂COVID-19病毒特性與防疫策略:https://www.twreporter.org/a/covid-19-ten-facts-ver-2
∎【註7】
科學月刊 Science Monthly - 「讓免疫系統再次偉大!mRNA疫苗會是COVID-19的救世主嗎?」:https://www.scimonth.com.tw/tw/article/show.aspx?num=4823&page=1
∎【註8】
GeneOnline 基因線上 「4 大 COVID-19 疫苗大解密!」 :https://geneonline.news/index.php/2021/01/04/4-covid-vaccine/
∎【註9】
(CDC)了解mRNA COVID-19疫苗
https://chinese.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/vaccines/different-vaccines/mrna.html
➤➤照片
∎【註4】:
圖1、分子生物學中心法則
∎【註7】:
圖2:mRNA 疫苗設計原理
圖3:mRNA 疫苗設計流程圖
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#就地避難在家鍛鍊寫作能力
軟體工程師系統設計面試準備指南
當你有了幾年的工作經驗以後,在找工作時一定會遇到系統設計的面試,有鑒於大部分的面試心得都是針對演算法以及資料結構的程式面試 (包括我之前寫的美國軟體工程師求職心得),對於系統設計的準備資源還真的不多,本篇要來剖析系統設計面試,介紹面試的流程、正確的心態以及準備的方向,讓大家再也不怕系統設計面試!
Medium 好讀版:https://medium.com/jktech/%E8%BB%9F%E9%AB%94%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E5%B8%AB%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E8%A8%AD%E8%A8%88%E6%BA%96%E5%82%99%E6%8C%87%E5%8D%97-acf6ab1f502f?source=friends_link&sk=ca40acf60b749cb1b32c17a868b0c1a3
#為什麼系統設計很重要?
在程式面試表現優異,可以讓你順利拿到 Offer;但是系統設計會決定你加入公司的職等!這也就是為什麼有些人有十年經驗只能拿到 Mid-Level (L4) 的 Offer,而有些人只有五年經驗卻可以拿到資深工程師以上 (L5+) 的 Offer。
另外,如果你是面試 Staff 或是 Principal 級別以上的話,除了系統設計以外,有些公司還會有 Technical Leadership 的面試,來判斷你是否有能力可以跟不同的部門合作、解決問題的不確定性、帶領資淺的人然後推動並且完成一個跨部門的大型技術專案。
簡單來說,系統設計用來判斷你是 L4 或是 L5+,Technical Leadership 面試用來判斷是 L5 或是 L6+。
#為什麼系統設計很難準備?
大多數應徵者在準備的時候會過度偏重於程式面試,原因也不難理解,程式問題的定義很清楚,有給定的輸入以及預期的輸出,就算你真的想不出來,LeetCode 上的討論區也有參考答案;這種有考古題可以參考的面試,對於台灣教育出來的人來說相對好準備,隨著你解的問題多了,你也會更有信心,不知不覺甚至還會刷上癮了呢!但系統設計卻非如此。
系統設計面試的問題描述通常很模糊 (這是刻意的),沒有給定的輸入與輸出,比較沒有既定規則可以遵循,然後也沒有一個標準答案,針對不同系統你需要提出不同的解法然後分析優缺點,一樣的問題,面試官也會針對你過去經驗往不同的方向問,有些問題你工作上沒有碰過還真的回答不出來,這也就是為什麼很多人看到系統面試就怕了。
#到底要怎麼準備?
首先我們要先建立一個觀念:沒有任何一個人可以知道所有的技術細節
不管你的面試官有多少年經驗,不管他們再怎麼資深,在變化快速的軟體產業,沒有人可以知道所有事情,一定有你知道而他們沒聽過的事情!
請把系統設計當成分享你過去所學的面試,這個面試的目的在於展示你對於軟體架構能力的廣度跟深度,你必須可以給出大方向的架構,知道有哪些元件 (廣度),同時針對你熟悉的領域深入探討更多細節 (深度),並且提出幾個解決方案,分析優缺點,並且針對系統需求選擇合適的解法。
大方承認自己對某些領域的細節不熟,也是完全沒問題的,只要讓面試官了解你知道這個東西,如果要深入了解的話你知道有哪些方向要努力,這樣就夠了,因為在大型的軟體專案裡,一定是高度分工的,不會有人同時精通手機端、前端、後端、Infra 以及嵌入式或是硬體的。
講到這裡,相信你也知道如果真的要準備是準備不完的,這些知識是透過平常工作以及閱讀技術文章長期累積的成果,比較沒辦法臨時抱佛腳。
#具體來說會問什麼問題
舉例來說,一個系統設計的問題會像是這樣:如何設計 Facebook?
這類問題的描述通常會很大而且模糊,面試官不預期而且你也不可能在 45 分鐘內就設計出這些公司花了好幾年這麼多人力設計出來的產品,所以第一步要做的事情是確認需求:是要設計動態牆、Messenger、廣告系統還是推薦系統?流量跟資料量為多少?需要支援全球的使用者嗎?
確認完需求以後,會針對最重要的幾個使用場景設計你的 Data model 以及 API,接著畫出大的系統架構圖,大致上會包含客戶端 (手機版/桌面版)、Load Balancer (Reverse Proxy)、App Servers 以及資料庫,接著可以針對細節下去討論,這邊開始就很自由了。
如果你是專精在資料庫,可以討論要用什麼資料庫以及資料要怎麼存可以讓特定使用場景的讀取以及寫入效能比較好,要怎麼做資料庫的 Replication 跟 Sharding 來服務更多的使用者?
如果講到快取,哪些地方可以加快取呢 (瀏覽器前端, CDN, App Server, 資料庫)?具體來說寫入快取有哪些方式以及優缺點 (write-through, write-around, write-back)?什麼時候要失效?要讓哪些資料失效?
如果聊到微服務器架構跟 Service Mesh,不同的服務怎麼跟其他的服務溝通? control plane 要怎麼更新 data plane 的設定?如果 control plane 掛了怎麼辦?要怎麼做 service discovery? 哪一種 Load Balancing 策略比較好 (round robin, random, least connection, ring hash, or maglev)?有些服務掛了影響到整個系統怎麼辦?什麼時候需要 circuit breaker ?
如果你是手機開發者,怎麼實現離線瀏覽?手機要有資料庫嗎?要怎麼以及多常跟伺服器同步?API 要怎麼設計?如何實現 Infinite Loading?剛 Po 文以後要怎麼樣在自己手機上馬上看到?
這些問題真的列舉不完,總之看到這裡你會了解為什麼我說這個面試是沒有範圍而且也準備不完的,重點應該放在跟面試官的討論,展現你在技術方面的廣度跟深度,讓面試結束的時候能夠有一個你們兩個人都同意的設計!
#準備材料
系統設計的資源比較分散,以下是我篩選過後覺得有用的資料,按照素材的類型作分類,也歡迎大家留言補充!
#入門影片
針對完全沒有概念的新手,我建議可以先從哈佛的 CS75 Lecture 9 Scalability 開始,裡面講到的很多基礎觀念都相當重要,值得一再複習,這些概念先有了以後再閱讀其他的材料會比較有感覺:
如果你看完這篇文章後還想再多了解系統面試的形式,也可以看一個前 Facebook 工程師分享的影片:
Distributed Systems in One Lesson 也很推,裡面提到不少業界在使用的設計模式:
有一個需要付費的資源是 SystemsExpert,每個影片會講解一個系統設計重要的概念,我個人覺得內容有點淺所以沒有買,但是整理地還算不錯,如果你看完他們免費的影片有興趣還是可以參考一下。
#閱讀文章
影片是一個讓你很好理解大方向概念的方式,但是如果你要深入理解背後的原理還有怎麼運作的細節,還是得透過大量以及深度的閱讀來吸收呀!
system design primer 整理了很多系統設計的資源,資料量很夠, 個人的建議是先快速過一遍,不要細讀,先知道總共有哪些元件,大概是做什麼用的就好,接著針對有興趣的部分在深入研究,建立自己的知識庫。
Grokking the System Design Interview 也是很多人推薦的材料,主要是針對系統設計的問題提供範例解答,他們的答案可以當作一個參考,但面試的時候不要完全照著回答,還是得看跟面試官討論的結果來進行,但這個是需要付費的,有興趣可以用我的推薦碼註冊購買。
如果你不想花錢或是不確定 Grokking 的文章你喜不喜歡,有一個類似的網站 Crack the System Design Interview 整理得也還不錯。
#書籍
唸書是一個有系統性學習的方法,如果你只想選一本書來看,就選這本大家都推的系統設計聖經 — Designing Data-Intensive Applications,簡稱 DDIA,這本書適合的對象是想要長期準備系統設計或是分散式系統的人,裡面舉的例子都是實際上業界遇到的問題,不會有以前讀教科書那種工作又用不到的感覺;但也因為是書,花了一些篇幅在講解背景知識,包含以前的系統是怎麼設計的以及如何演進到現在,對短期要準備面試的人效率會有點低,所以不適合有時間壓力的人。
這本書我目前讀了一半,最大的收獲是它解釋了很多為什麼現代的系統要做這樣的設計,我們針對不同的系統要求可以有哪些解法,這些解法各有什麼優缺點,總之分散式系統就是我們解決了一個問題,但又會產生更多要考量的點,一切都是 trade-off。
但這本書也不是沒有缺點的,首先我覺得是本書的英文沒有很好讀,我常常一段看了好幾遍才知道他想表達的重點是什麼,而且,有些很重要的觀念常常藏在一段文字裡用一句話帶過,但是不太重要的觀念卻使用 Bullet Point 表達;另外這本書話常常講一半,一些觀念提到了一點卻說我們後面再聊,也因為這樣,我在考慮要不要幫大家整理每一個章節的重點,翻成中文分享給大家,有興趣的朋友麻煩拍手留言告訴我!
除此之外,Google 的 SRE Books 內容也很實在,但是每一個章節的內容是獨立的,建議大家選擇想研究的章節跳著看就好。
最後,Distributed systems for fun and profit 的內容也很好,以分散式系統的理論為主,比較沒那麼針對系統設計面試。
#還想閱讀更多嗎?
我知道光是上面的資源就已經讀不完了,但是行有餘力的話,平時也可以多看看各大公司的技術部落格或是訂閱技術週刊如 TechBridge (台灣) 、HackerNews 以及 InfoQ 等等。
此外,參考別人的經驗也是很好的方式,最近剛好幾個朋友剛找完工作,他們分享的矽谷找資深工程師工作心得分享以及2020 上半年軟工找工經驗分享也都很值得看!
最後,在工作上使用到的技術,除了會用以外,最好也要花時間去研讀技術文件,了解他們設計的考量以及支援的場景,大部分這類型針對開發者的文件寫得會比較深入,所以也是相當好的學習素材;我自己過去一年因為工作上需要整合 Envoy 到我們公司的 Traffic Infrastructure,從他們的文件中學到很多 Service Mesh 跟微服務器的重要概念,學習的深度都是其他資源無法提供的。
#總結
這篇文章我們整理了很豐富的系統設計資源,希望大家不要被這滿滿的資訊量嚇跑。
請記得,我們永遠有各種方法在短期內針對面試做準備,提升面試的表現,但這都只是一時的,沒辦法讓你一夕之間就成為專家;如果想要追求長期的持續成長,那麼沒有捷徑 — 就是養成每天學習以及閱讀的習慣,一開始真的很難看到效果,但是當你持續一週、一個月甚至是一年以後,你會明顯感受到自己的成長,這些投入的時間都是騙不了人的。
如果這篇文章對你有幫助,請拍手留言加訂閱,並且分享給更多有需要的人知道!
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